首先，特许经营合同的风险之一是特许经营合同应明确约定许可方式的类型，风险级别为高级风险。经营许可的方式有独占许可、排他许可、一般许可和分许可几种，不同的许可方式下被特许人的权利义务不同，承担的责任也不尽相同，因此需要明确约定，如果没有明确约定则是存在风险的。
其次，特许经营合同的风险之二是特许经营合同应具体约定加盟店铺 标准及权限，风险级别为高级风险。特许经营合同应约定以下具体内容：第一，是否有店铺选址要求及特许人是否有决定权和建议权；第二，店铺的设计标准和费用承担；第三，指定开店设备、生产器具物资及采购渠道、价格；第四，店铺装潢标准及费用承担。
再次，特许经营合同的风险之三是特许经营合同应明确特许经营权的收情形及形式，风险级别为中级风险。特许经营合同应约定因特许经营合同期满、被特许权人违约或加盟店业绩不达标等情况，特许人有收特许经营权的权利，收的有效通知与送达形式，自送达日起被特许人的不侵权承诺等具体约定。
同时，特许经营合同的风险之四是特许经营合同可以增加被特许人相应的商圈作为保护措施，风险等级为高级风险。主要是为了预防特许经营体系内部的冲突和保障被特许人的利益，以被特许人加盟餐厅为中心，一定的半径或者直径范围内被特许人的商圈保护区域，特许人在该保护区域内不再授权第三方开设加盟店。
另外，特许经营合同的风险之五是特许经营合同应明确期限届满后合同终止是被特许人合理的清货期，风险级别为高级风险。主要是如果不明确约定清货期限则极易在现实中产生纠纷，过短的清货期不利于被特许人，过长的清货期则会损害特许人的利益。
另另外，特许经营合同的风险之六是特许经营合同应明确约定被特许人的单方解除合同期间，风险等级为中等风险。根据有关法律的规定，特许人和被特许人应当在特许经营合同中约定被特许人在经营合同订立满后一定期限内可以单方解除合同，如果是被特许人已经实际掌握了经营资源后的，则不得单方解除合同。
最后，特许经营合同的风险之七是特许经营合同可以根据实际经营情况设置期限缩短或者延长的同意条款，风险等级为中级风险。特许经营合同的期限不应少于三年，但续签或者被特许人同意的除外，这样有利于特许经营合同的执行和经营效果。
